是在原北京大學化學系的基礎上發展起來的。北京大學化學系是中國國立大學中成立zui早的化學系，其前身是成立于1910年的京師大學堂格致科化學門。1911年武昌起義爆發后，京師大學堂停辦，后改名北京大學。1913年化學門重新招生，1919年改稱化學系。1952年全國范圍院系調整后的北京大學化學系由原北京大學、清華大學、燕京大學三校的化學系重組而成。1994年化學系更名為化學與分子工程學院（以下簡稱化學學院）。2001年原技術物理系應用化學專業并入化學學院。

　　目前，化學學院設有5個系：化學系、材料化學系、高分子科學與工程系、應用化學系和化學生物學系；5個研究所：無機化學研究所、有機化學研究所、分析化學研究所、物理化學研究所、理論與計算化學研究所；擁有2個國家重點實驗室、2個教育部重點實驗室和1個國防科工委國防重點學科實驗室：稀土材料化學與應用國家重點實驗室、分子動態與穩態結構國家重點實驗室、生物有機與分子工程教育部重點實驗室、高分子化學與物理教育部重點實驗室、放射化學與輻射化學國防重點學科實驗室。無機化學、物理化學、高分子化學與物理、有機化學和分析化學5個學科是國家教育部重點學科。2003年底國家科技部批準北京大學化學學院與中國科學院化學研究所聯合籌建“北京分子科學國家實驗室”。化學學院承辦了《物理化學學報》和《大學化學》期刊，并接受教育部的委托成立了“高等學校化學教育研究中心”。

　　化學學院現有教職員工201人，其中中科院院士7人，長江特聘教授12人，講座教授2人，教授55人，副教授55人。有27人獲得國家自然科學基金委杰出青年基金資助，11人與國外學者合作獲得B類杰出青年基金資助，13人獲得教育部跨（新）世紀人才基金資助，10人獲得教育部青年教師基金，8人入選*百千萬人才工程；“稀土功能材料化學”、“表界面納米工程學”，以及“有機合成與方法學”3個研究團隊獲得國家自然科學基金委“科學基金創新研究群體”資助。“表界面納米工程學”和“功能聚合物的多尺度結構和分子工程”2個教育部創新團隊發展計劃。化學學院同時承擔多項國家重大基礎研究規劃項目、基金委重大、重點和面上項目，以及教育部博士點基金項目等。獲得過多項國家及部委級科研、教學獎勵。2000年以來發表SCI收錄論文每年保持在400篇左右，且高水平的文章呈逐年遞增的趨勢。